Chýbajúci komplexný dohľad nad bezpečnosťou potravín, roztrieštené kompetencie, dozor viacerých orgánov spadajúcich pod rôzne rezorty aj neprepojenosť informačných systémov a samotných dozorných orgánov. Aj to boli riziká, ktoré Najvyšší kontrolný úrad vyčítal agrorezortu po poslednej kontrole, zameranej na bezpečnosť potravín. Tá sa uskutočnila ešte v rokoch 2019 až 2022, pričom národní kontrolóri výstupy zadefinovali v roku 2023.