Slovenské orgány nevyužili všetky možnosti, aby zaručili efektívne a transparentné vynakladanie 450 miliónov eur vo forme priamych platieb určených poľnohospodárom. Vyplýva to zo záverov kontroly Najvyššieho kontrolného úradu (NKÚ). Na jej základe konštatuje, že systému chýba cielená kontrola a trpí nedostatkami v legislatíve. Systém priamych platieb garantuje Pôdohospodárska platobná agentúra (PPA).