Žiadateľ je povinný pravidlá krížového plnenia dodržiavať od 1. januára do 31. decembra príslušného roku podania žiadosti, t. j. celoročne.

Oblasťou, ktorej sa netýkajú pravidlá krížového plnenia je znižovanie energetickej náročnosti a obnoviteľné zdroje.

Pre tuhé hospodárske hnojivá a tuhé hnojivé látky s organickým viazaným dusíkom na poľnohospodárskej pôde (sem patrí aj maštaľný hnoj) pre zraniteľné oblasti vo vysokom stupni obmedzenia je zakázané obdobie stanovené od 15. novembra – do 15. februára. Zakázané obdobia stanovuje Zákon 136/2000 Z. z. o hnojivách v znení neskorších predpisov v prílohe č. 2.

Pre dodržanie tejto podmienky žiadateľ nesmie na dieloch pôdnych blokov, ktoré sú zaevidované v systéme LPIS, pozdĺž všetkých útvarov povrchových vôd ako sú potoky, rieky, jazerá, bagroviská a pod., používať priemyselné a organické hnojivá s obsahom dusíka v šírke do 10 m od brehovej čiary týchto útvarov povrchových vôd. Toto opatrenie je za účelom ochrany povrchových vôd pred znečistením organickými a priemyselnými hnojivami. Na týchto dieloch pôdnych blokov môže žiadateľ pestovať plodiny podľa svojho výrobného zamerania s tým rozdielom, že v tomto ochrannom páse nesmie používať priemyselné a ani organické hnojivá.

Žiadateľ nesmie na ornej pôde so svahovitosťou nad 12° pestovať širokoriadkové plodiny (napríklad zemiaky, repa, kukurica, slnečnica, kapusta, karfiol, kaleráb, cirok, pohánka). Na ornej pôde so svahovitosťou nad 12° je možné pestovať hustosiate obilniny, krmoviny, repku olejnú, trávne kultúry a pod. Zanedbateľné porušenie sa hodnotí ako poľahčujúca okolnosť, t. j. ak porušenie podmienky je zaznamenané do výmery max 0,01 ha, v rámci hraníc užívania.

Dobré poľnohospodárske a environmentálne podmienky DPEP 6 „Udržanie množstva organickej hmoty v pôde vrátane zákazu vypaľovania ornej pôdy so strniskom“ ukladajú žiadateľovi povinnosť dodržiavať zákaz vypaľovania trvalých trávnych porastov počas celého roka. V prípade, ak sa na plochách trvalých trávnych porastov užívaných žiadateľom zistí pálenie suchej vegetácie, bude sa to vyhodnocovať ako porušenie tejto podmienky. Podmienka sa bude považovať za neporušenú iba v prípade, ak žiadateľ preukáže, že vypaľovanie nespôsobil sám, to znamená, že túto udalosť nahlásil polícii a orgánu štátnej správy na úseku ochrany pred požiarmi (príslušné okresné riaditeľstvo) a kópiu doručí agentúre.

Mlieko sa musí ihneď schladiť na teplotu najviac 8 °C v prípade, že sa vykonáva každodenný zber, alebo na teplotu najviac 6 °C, ak sa zber mlieka nevykonáva denne. Žiadateľ nemusí dodržiavať požiadavky na teplotu ustanovené vo vyššie uvedených bodoch, ak mlieko spĺňa kritériá uvedené v časti III. Kapitoly I, Oddielu IX Prílohy III nariadenia (ES) č.853/2004, ktoré sa týkajú požiadaviek na počet somatických buniek, celkového počtu mikroorganizmov a rezíduí antibiotík, a buď: a) sa spracúva do 2 hodín od nadojenia, alebo b) vyššia teplota je potrebná z technologických dôvodov, ktoré súvisia s výrobou určitých mliečnych výrobkov, a ak to povolil príslušný orgán.

Povinnosť registrácie chovu vyplýva na základe zákona č. 39/2007 Z. z. o veterinárnej starostlivosti v znení neskorších predpisov a súvisiacej legislatívy, nariadenia vlády SR č. 305/2003 Z. z. v znení neskorších predpisov. Ak chovateľ chová ošípané musí byť zaregistrovaný pred začatím chovu a pred prvým premiestnením v Centrálnej evidencii hospodárskych zvierat (CEHZ).

Teľatá staršie ako 8 týždňov nesmú byť ustajňované v individuálnom koterci, ak veterinárny lekár neurčil inak.

Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR vo svojom usmernení k nariadeniu vlády SR č. 342/2014 Z. z., ktorým sa ustanovujú pravidlá poskytovania podpory v poľnohospodárstve v súvislosti so schémami oddelených priamych platieb uvádza nasledovné: „Ak ide o úmyselne zavinené porušenie, uplatní sa zníženie spravidla 20 % celkovej sumy platieb. PPA však môže toto zníženie na základe správy z kontroly znížiť na 15 % resp. zvýšiť až na 100 % celkovej nárokovanej platby.“